L’Archivio è situato nell’ex convento di Santa Margherita degli Eremitani di Treviso, sorto su un terreno nella parte meridionale della città, oltre il Sile, all’altezza del ponte Nuovo, immediatamente all’esterno della seconda cinta muraria di Treviso, eretta tra il 1178 e il 1231. L’area era entrata nelle disponibilità dei frati eremitani gianbonini, giunti in città nel 1238, grazie a una serie di donazioni di terreni contigui.

Il 18 novembre del 1268 il vescovo Alberto benedice e pone la prima pietra della nuova chiesa di Santa Margherita e ne viene verosimilmente tracciato il perimetro.

A seguito delle soppressioni e delle modifiche napoleoniche, austriache e italiane, che ne hanno messo a rischio la conservazione nella sua forma originaria, Santa Margherita non è stata risparmiata dai duri bombardamenti della Seconda guerra mondiale, in particolare dall’incursione aerea del 7 aprile 1944: sono stati abbattuti parte del primo chiostro, quasi totalmente il secondo e danneggiata l’abside.

A partire dal 1947 prende avvio una lunga campagna di ricostruzione diretta inizialmente dall’architetto Ferdinando Forlati, Soprintendente alle Opere di Antichità e d’Arte per il Friuli-Venezia Giulia, seguendo a grandi linee la forma precedente alle demolizioni del 1883 e inserendo elementi decorativi suggestivi.

Per quanto riguarda l’uso, a eccezione di una parentesi dal 1946 al 1953, durante la quale la struttura viene data in affitto alla ditta “Conean” e utilizzata come magazzino di generi alimentari e di prima necessità, parallelamente alla conclusione dei lavori alla metà degli anni Cinquanta la Diocesi presenta domanda al Ministero della pubblica istruzione per ottenere l’utilizzo dell’edificio, infine concesso in uso trentennale all’autorità ecclesiastica. Nel 1967 viene inaugurato il nuovo complesso sportivo, ricreativo e culturale, sede di varie attività fino alla fine del XX secolo.

Dopo ulteriori anni di abbandono la chiesa è stata nuovamente messa in sicurezza e restaurata a partire dal 2014. Dal 2020 ospita il Museo nazionale “Collezione Salce”. L’Archivio occupa, invece, lo spazio corrispondente al secondo chiostro del convento e agli ambienti adiacenti.